Pro pomoc v orientaci výsleků z genomického testování uvádím níže přehled základních výsledků a přístup k nim.

JAK SE K VÝSLEDKŮM DOSTAT

• Prostřednictvím veřejné databáze CDCB, kterou nalezente zde. Lze vyhledávat jednotlivá zvířata (formát CZE000.........) nebo skupiny zvířat se společným znakem tak, že do pole "Reg Name" vepíšete prefix svých zvířat.
• Jednotlivé pěkné a přehledné katalogové listy zvířat lze najít také na stránce www.stgen.com (vpravo nahoře do pole "Search" je třeba vepsat číslo zvířete (CZE000.........).
• Prostřednictvím klientského portálu Genetic Visions, kde naleznete vždy poslední a aktuální výsledky a stav každé jednotlivé "objednávky" rozborů.
  • Zaregistrujete se
  • Oznámíte nám email, se kterým jste se registrovali
  • Vyčkáte spárování Vašeho uživatelského účtu se svými výsledky
  • Prohlížejte výsledky

VÝSTUPY CDCB

Nejpřehlednější informace o každém jednotlivém zvířeti získáte právě prostřednictvím veřejné databáze stgen.com.

Záhlaví: Jméno zvířete, číslo, datum narození.

Dále následuje poslední přepočet plemenných hodnot.

V pravém horním kvartálu naleznete také historii přepočtů PH a lze tak pěkně vidět, jak se v čase PH zvířat mění. Obvykle se snižují, což je dáno jednak jejich zpřesňováním, a také tím, že do databáze neustále přibývají nejmladší jalovičky z celého světa, které jsou samozřejmě geneticky vždy hodnotnější.

JAKÉ PLEMENNÉ HODNOTY JSOU VÝSLEDKEM

Z nejdůležitějších a nejzajímavějších plemenných hodnot jmenujme: 

Produkce:

• Mléko = produkce mléka v lb (v evropských zemích je většinou v kg)
• T = produkce mléčného tuku v lb
• T (%) = produkce tuku v %
• B = produkce mléčné bílkoviny v lb
• B (%) = produkce bílkoviny v %
• R = spolehlivost odhadu

Selekční indexy:

• NM$ - ekonomický index, který klade důraz na produkci a fitness
• CHM = Cheese merit = index mlékařský a sýrařský, s ještě vyšším důrazem na produkci a výtěžnost mléka
• TPI = americký selekční index se svýženým důrazem na vyjádření užitkového typu

Telení:

• SCE = sire calving ease = snadnost telení po býkovi
• DCE = daughter calving ease = snadnost telení dcer po býkovi

Exteriér:

• R = spolehlivost odhadu
• PTAT = vyjádření užitkového typu
• UDC = celková kvalita utváření a funkce vemene
• FLC = celková kvalita utváření a funkce končetin
• BCS = body condition score = celková kvalita utváření těla
• TPI
• Z jednotlivých exteriérových znaků vybírám např.:
  • Front Teat Placement = rozmístění předních struků
  • Rear Teat Placement = rozmístění zadních struků
  • Teat Length = délka struků

 MARKERY

Přibližně 1x za měsíc emailem obdržíte výsledky vyšetření markerů testovaných jaloviček.

Nalznete v nich následující výsledky:

• Informace o mléčných bílkovinách (Kapa a Beta kaseiny, Beta laktoglobulin)
• Nositelství letálních faktorů (BLAD, DUMP, CVM, Brachyspina, Citrullinemia)
• Případnou přítomnost alely pro dominantně červené zbarvení (Dominant Red)
• Další letální faktory (FMO3, SDM, SMA)
• Nositelství alely DGAT (geneticky podmíněná zvýšená produkce mléčného tuku)
• HCD - deficience cholesterolu (postižené jalovičky brzy hynou)
• Haplotypy HH1 - HH6 (ovlivňují ranou embryonální mortalitu)

Markery jsou důležitou infomrací zejména pro tvorbu připařovacího plánu, který je musí vhodným způsobem zohlednit. Nositelky letálních faktorů a jiných nevhodných alel je vhodné v chovu postupně eliminovat fyzicky anebo eliminovat alespoň výskyt konkrétních nežádnoucích alel.

Klientský portál Genetic Visions

Klientský portál GV poskytne množství zajímavých dat a grafů, můžete v něm:

• sledovat aktuální stav každé objednávky (skupiny odebraných vzorků odeslaných k testování)

• zobrazit výsledky testování v tabulce za jednotlvé objednávky (skupiny vzorků) nebo za všechny testované jalovičky dohromady
• zobrazit intervalové rozložení exteriérových znaků v celém stádě (upozorní na případné či vhodné šlechtitelské priority)
• pod záložkou "Advanced search" je možno zvolit si pro vás zajímavé plemenné hodnoty a údaje a vybrat si, zda vás zajímají rodokmenové, genomické nebo jejich průnik, zobrazená data pak lze prohlížet, řadit, exportovat do Excelu

 Jak na to:

• Po přihlášení uvidíte v záhlaví tzv. "Dashboard". Zde vidíte počet vzorků odeslaných k rozboru (Sent), počet vzorků doručených do laboratoře k rozboru (Arrived), počet vzorků odmítnutých (Rejected), aktuální počet nesrovnalostí v původech (Conflict) čekající na opravu a také počet vlastních a již hotových výrobků (Results). Po kliknutí na tento odkaz se Vám všechny zobrazí.
• V záhlaví zobrazných výsledů dále můžete zvolit možnost pokročilého vyhledávání (Advanced search), kde si pak můžete volit vlastní selekční kritéria, která Vás zajímají.
  
• Po kliknutí na "Advanced search" si volíte informace o zvířatech, která jsou por Vás zajímavá. Jednak je o identifikační údaje, dále produkční znaky, fitness, typ, fertilita a haplotypy. Kliknete na "Search" a vyčkáte. Dole se Vám posléze zobrazí vybraná data. Tam si můžete měnit pořadí sloupců (uchopením hlavičky a přetažením na místo, kde ho chcete mít), můžete si též libovolně zvířata řadit. Výsledný soubor můžete exportovat do Excelu, kde s ním lze dále pracovat (Export to Excel).
  
• Na úvodní straně pod Dashboardem lze také vidět jednotlivé obejdnávky s datem odeslání, datem doručení do laboratoře a jejich aktuální stav. Po kliknutí na zelenou ikonu "Result" se následně dostanete k výsledkům testování této skupiny vzorků.
  
• Po kliknutí na Results u jakékoliv objednávky v záhlaví rozborů uvidíte opět tabulku k filtrování dostupných výsledků. Pokud si v kolonce "Order" zvolíte "All" a v "Chart type" zvolíte "Linear", Genetic Visions Vám zobrazí intervalovou četnost znaků exteriéru všech zvířat, která jste odeslali k testování. To Vás může upozornit na problémy šlechtění jaloviček a na co se případně dále zaměřit ve šlechtění stáda, co korigovat a jakým směrem.
  

Další informace o strategii šlechtění, využívání sex. ID a genomickém testování a jeho využití v praxi naleznete v naší prezentaci z února 2020. Obecně jsou výsledky genomického testování důležité pro toho, kdo Vám zpracovává připařovací plán, dále pro zpeněžení zvířat, embryí apod. Výsledky obecně ukazují na kvalitu šlechtitelské práce v minulosti.

Další výhodou genomického testování je kontrola původu jaloviček. Ne zřídka se při rozboru v laboratoři zjsití, že reálný původ zvířat (až do třetí generace!) je jiný, než jaký stojí v Plemdatu v české centrální evidenci.

V případě problémů se zobrazením a dohledáním výsledků nás neváhejte kontaktovat. Pomůže Vám Jana Brodská nebo Magdalena Zajíčková, kontakty naleznete v příslušné sekci.

Magdalena Zajíčková